Organista titular de la Basílica de la Sagrada Família, ha actuat als principals escenaris d’Europa, així com a l’Amèrica Llatina i Àsia, amb una excel·lent acollida del públic i la crítica. Els darrers anys, la seva activitat concertística ha estat incessant, actuant a més de vint països i a escenaris com l’Auditorio Nacional de Música de Madrid, Palau de la Música Catalana, Konzerthaus de Berlín, Gewandhaus de Leipzig, Elbphilharmonie d’Hamburg, les catedrals de Colònia i Westminster (Londres), St. Sulpice de París, i el teatre Mariinsky i la Philharmonia de Sant Petersburg, entre d’altres.
Ha col·laborat amb Philippe Jaroussky, amb qui va enregistrar el CD Sacred Cantatas (Erato, 2016), disc nominat a un Premi Grammy el 2018.
Després de començar els estudis musicals amb el seu pare i Ricardo Pitarch, es formà a València, Barcelona, Berlín, Tolosa i Roma, aconseguint fins a cinc Premis Extraordinaris en diferents especialitats. D’entre els seus mestres es troben Óscar Candendo, Wolfgang Seifen, Michel Bouvard i Montserrat Torrent, qui va suposar un gran suport durant la seva formació. Igualment, ha rebut classes magistrals, entre d’altres, d’Olivier Latry i Ton Koopman.
Juan de la Rubia és professor a l’ESMUC (Escola Superior de Música de Catalunya) i membre de la Reial Acadèmia de Belles Arts de Sant Jordi.