Rafael Muñoz va estudiar a València amb M. Morellà i F. Salanova als conservatoris de la ciutat i amb K. Becker a Hannover i, posteriorment, va ser becat a la Karajan-Akademie de la Filharmònica de Berlín, amb J. Kelly i D. Wollenweber com a mentors.
Amb l’orquestra de la Filharmònica va poder treballar amb directors com Sir S. Rattle, C. Abbado, Z. Mehta, K. Petrenko, I. Fischer, R. Goebel i G. Dudamel, entre d’altres, tocant als principals festivals europeus i fent diverses gravacions.
Després de contractes amb l’Orquestra de la Comunitat Valenciana i amb la Staatsoper a Berlín, l’any 2016 va guanyar la plaça d’oboista i corn anglès a la Deutsche Oper Berlin.
Ha desenvolupat la seva carrera artística principalment com a oboista i corn anglès a Alemanya, on va col·laborar amb orquestres com l’Orquestra del Gewandhaus a Leipzig, l’Orquestra Simfònica Alemanya de Berlín, la Staatskapelle a Dresden, l’Orquestra del Konzerthaus a Berlín o la Hessische Rundfunk a Frankfurt. Ha estat membre de l’Ensemble Musica Assoluta a Hannover i ha col·laborat amb conjunts com UnitedBerlin o Moonwinds.
Des de la temporada 2022-2023 és oboè solista a l’Orquestra Simfònica de Barcelona i Nacional de Catalunya.