Ignacio Prego está considerado por la prensa especializada como uno de los clavecinistas más importantes de su generación. Ganador del 1.er premio en el Westfield International Harpsichord Competition de 2012, ofrece regularmente conciertos en Estados Unidos., Canadá, Asia, Sudamérica y Europa, incluyendo salas como el Alice Tully Hall-Lincoln Center y la Frick Collection de Nueva York, el Benaroya Hall de Seattle, el Centro Nacional de Artes Interpretativas de Pekín, los Teatros del Canal o el Auditorio Nacional de Madrid y festivales como los de Berkeley, Boston, Sevilla (FeMAS), Vancouver, Utrecht, Aranjuez, etc.
Colabora habitualmente con músicos como Monica Huggett, Nic McGegan, Harry Bicket, Hiro Kurosaki o Maurice Steger, incluyendo actuaciones como solista con The English Concert en Nueva York, la Portland Baroque Orchestra en el Oregon Bach Festival o, más recientemente, con la Orquesta Sinfónica de Navarra en el Palacio Euskalduna de Bilbao como parte del festival Musika-Música. Con esta orquesta debuta además como director en 2022, al igual que con músicos del mundo del jazz y del flamenco, como Moisés P. Sánchez, con el que acaba de estrenar a dúo A Night With John Dee en el Teatro Conde Duque, o el bailaor y Premio Nacional de Flamenco Marcos Flores.
Tras el gran éxito del disco The Complete French Suites by JS Bach, Prego publica en 2016 The Goldberg Variations con Glossa, convirtiéndose en el primer clavecinista español en grabar en solitario para el prestigioso sello. En junio de 2022 ve la luz su cuarto álbum dedicado a Johann Sebastian Bach, Partitas & English Suite, que presenta a lo largo de la temporada 22/23 en concierto en el Festival Oude Muziek de Utrecht, la National Gallery en Washington DC, MusicSources en San Francisco, Valencia, Zamora, Burgos, etc. En 2014 y 2015 combina su carrera de conciertos con la docencia como profesor de la Universidad de Yale en EE. UU. Ha sido también profesor del Conservatorio Superior de Música de Madrid y es invitado regularmente a impartir clases magistrales en diversas universidades estadounidenses.