Tras trabajar como maestra durante tres años, Isabelle Ruf-Weber empezó su formación profesional en dirección de orquesta de viento en 1985 en la Universidad de Música de Lucerna, estudios que finalizó en 1989 con matrícula de honor. El mismo año, se le otorgó un diploma de profesora de flauta travesera.
Completó su educación musical en la Universidad de Michigan en dirección de orquesta y con Sylvia Caduff en Lucerna en dirección coral. También realizó varios másteres en el extranjero y un posgrado en dirección con Johannes Schlaefli en la Universidad de las Artes de Zúrich.
Isabelle Ruf-Weber es una artista de mente abierta y de gran versatilidad, lo que le permite dirigir orquestas muy diversas. Dirigió la orquesta de viento FM Neuenkirch durante 25 años, de 2000 a 2003 asumió también la dirección de la orquesta Sursee y, más tarde, de 2003 a 2007, la Asociación de orquesta Malters (Suiza). Fue directora artística de la Orquesta de Viento de Baden-Württemberg durante 12 años, hasta 2013, y directora musical de la Orquesta de Viento Landwehr de Friburgo, hasta 2017.
Ha sido directora titular y directora de producción del Teatro Municipal de Sursee (Suiza) durante 20 años intensos, exitosa labor que finalizó el pasado marzo de 2022.
Colabora con diversas orquestas juveniles, en particular con National Youth Harmony y Youth Music of South Tirol, y con varios proyectos orquestales como directora invitada y pedagoga musical.
En el campo de la docencia, trabaja para la formación y el desarrollo de jurados y directores, y es profesora invitada de la Bundesakademie de Trossingen (Alemania). También impartió clases de dirección de orquesta de viento en la Universidad de Música de Lucerna de 2009 a 2014.
En 2017 le otorgaron el premio Stephan Jaeggi en reconocimiento a su compromiso al servicio de la música de viento suiza.