Organista titular de la Basílica de la Sagrada Familia, ha actuado en los principales escenarios de Europa, así como en Latinoamérica y Asia, con una excelente acogida del público y la crítica. En los últimos años, su actividad concertística ha estado incesante, actuando en más de veinte países y en escenarios como el Auditorio Nacional de Música de Madrid, Palau de la Música Catalana, Konzerthaus de Berlín, Gewandhaus de Leipzig, Elbphilharmonie de Hamburgo, las catedrales de Colonia y Westminster (Londres), St. Sulpice de París, y el teatro Mariinsky y la Philharmonia de San Petersburgo, entre otros.
Ha colaborado con Philippe Jaroussky, con quien grabó el CD Sacred Cantatas (Erato, 2016), disco nominado a un Premio Grammy en 2018.
Tras empezar los estudios musicales con su padre y Ricardo Pitarch, se formó en Valencia, Barcelona, Berlín, Toulouse y Roma, consiguiendo hasta cinco Premios Extraordinarios en diferentes especialidades. Entre sus maestros se encuentran Óscar Candendo, Wolfgang Seifen, Michel Bouvard y Montserrat Torrent, quien supuso un gran apoyo durante su formación. Igualmente ha recibido clases magistrales, entre otras, de Olivier Latry y Ton Koopman.
Juan de la Rubia es profesor en la ESMUC (Escuela Superior de Música de Cataluña) y miembro de la Real Academia de Bellas Artes de Sant Jordi.