Rafael Muñoz estudió en Valencia con M. Morellà y F. Salanova en los conservatorios de la ciudad y con K. Becker en Hannover y, posteriormente, fue becado en la Karajan-Akademie de la Filarmónica de Berlín, con J. Kelly y D. Wollenweber como mentores.

Con la orquesta de la Filarmónica pudo trabajar con directores como Sir S. Rattle, C. Abbado, Z. Mehta, K. Petrenko, I. Fischer, R. Goebel y G. Dudamel, entre otros, tocando en los principales festivales europeos y realizando varias grabaciones.

Después de contratos con la Orquesta de la Comunidad Valenciana y con la Staatsoper en Berlín, en el año 2016 ganó la plaza de oboísta y corno inglés en la Deutsche Oper Berlin.

Ha desarrollado su carrera artística principalmente como oboísta y corno inglés en Alemania, donde colaboró con orquestas como la Orquesta del Gewandhaus en Leipzig, la Orquesta Sinfónica Alemana de Berlín, la Staatskapelle en Dresde, la Orquesta del Konzerthaus en Berlín o la Hessische Rundfunk en Frankfurt. Ha sido miembro del Ensemble Musica Assoluta en Hannover y ha colaborado con conjuntos como UnitedBerlin o Moonwinds.

Desde la temporada 2022-2023 es oboe solista en la Orquesta Sinfónica de Barcelona y Nacional de Cataluña.